目前在全國推廣使用的出口退稅申報系統是由國家稅務總局指定大連龍圖信息技術有限公司（即出口退稅申報系統開發單位），負責開發和改進的。而不是上海市國家稅務局負責開發的，因此軟件的更新和改進需要經總局批準。

為了方便納稅人申報，提高申報、審核質量。2006年起在全市試點推廣出口退稅網上預申報，現根據上海市國家稅務局《關于本市2007年度出口退稅網上申報推廣工作安排的通知》（滬國稅進【2007】13號）（文件請訪問上海出口退稅網查閱）的有關要求，在全市范圍內推廣使用出口退稅網上申報。

上海市出口退稅網上申報系統是指企業登錄上海財稅網指定頁面（ 請訪問上海出口退稅網http://shanghai.taxrefund.com.cn 指定頁面登錄或直接訪問http://www.etax.csj.sh.gov.cn:8000/ckts/index.jsp 登錄），將總局版退稅軟件（包括生產企業和外貿企業）生成的申報文件發送到稅務機關。

上海市出口退稅網上申報系統僅僅是網頁而不是軟件，它僅僅是給企業提供了一種申報途徑。

上海市出口退稅網上申報系統的使用必須接入互聯網，如果無法正常訪問或者發送數據多數是由于用戶的計算機網絡設置造成的。有些情況下企業無法正常訪問網上申報系統也可能由于網上申報后臺更新某些網絡控件造成的。因此企業需要經常關注上海出口退稅網。

所以說上海市使用的出口退稅網上申報系統和總局版退稅軟件沒有必然關系。企業只是通過上海財稅網的指定頁面發送由總局版退稅軟件生成的申報數據而已。